Роль микробов в жизни человека двойственна: одни помогают усваивать питательные вещества и участвуют в массе иных полезных процессов, а другие, напротив, представляют собой опасные патогены. Они обитают везде, в том числе на том, что мы едим каждый день. Австрийские биологи решили изучить микробиом обыкновенных яблок и выяснить, какие именно бактерии заселяют эти популярные плоды не только снаружи, но и изнутри. Кроме того, биологи поставили перед собой цель — сравнить яблоки из обычных и «органических» хозяйств. Последние принципиально не используют многие стандартные методы выращивания плодов (в частности, не применяют многие пестициды и удобрения). Это могло оказаться важным с точки зрения микробиологии фактором.

Результат анализа исследователи описали в своей статье для Frontiers in Microbiology. Яблоки для работы они отобрали в двух разных хозяйствах из Штирии, федеральной земли на юго-востоке Австрии. На обычной ферме ученые взяли плоды, уже собранные, расфасованные по пакетам и лежавшие в специальных холодильниках с углекислым газом, а вот «органические» яблоки брали из обычных ящиков.

Биологи собирали образцы с использованием стерильных перчаток и инструментов, привезли их в Технический университет Граца (место своей работы) и отобрали по два плода из «обычной» и «органической» партии. Затем эти яблоки взвесили и разрезали на части, взяв от каждого по шесть фрагментов из разных частей, включая семечки. Размолов образцы в мелкую пыль внутри специального стерильного блендера, ученые проанализировали их на содержание 16s РНК. Так называют молекулы, которые входят исключительно в состав прокариотических клеток, причем разные бактерии отличаются структурой этих молекул.

Подобный анализ позволил не просто оценить число бактерий, но и выяснить то, к каким видам они относятся. Ученые пришли к выводу, что в крупном яблоке может быть около ста миллионов бактерий. Это меньше, чем в столовой ложке йогурта, но все равно очень далеко от полной стерильности. Смыть эти бактерии, как показал анализ мякоти, и особенно семечек, невозможно. Мы съедаем эти микроорганизмы даже в том случае, если тщательно моем яблоки, дополнительно срезая их шкурку.

Ученые отметили, что в «органических» яблоках примерно столько же бактерий, сколько и в «обычных», но последние заметно более однородны по своему бактериальному составу. Гипотетически бо́льшее разнообразие микроорганизмов может препятствовать чрезмерному размножению каких-то отдельных видов, увеличивая число возможных конкурентов. Однако с практической точки зрения важнее может быть иной результат — в проанализированных образцах с «органических» ферм ученые не нашли потенциально патогенных штаммов из родов Escherichia и Shigella, некоторые из которых являются возбудителями опасных заболеваний. В обычных яблоках эти бактерии были, хотя и в очень небольших количествах. Авторы работы предполагают, что обилие микробов других видов в «органических» плодах просто не дало места патогенам. При этом в целом ученые не очень понимают, как найденные в яблоках бактерии могут влиять на здоровье.

Ограниченность выборки (всего две фермы в Австрии и единственный сорт яблок — «арлет») не позволяет однозначно говорить о превосходстве «органического» земледелия в вопросах бактериальной безопасности. При этом с другой стороны тоже есть достаточно фактов, указывающих на потенциальную опасность отказа от ряда промышленных методов. Самый известный пример — это вспышка кишечной инфекции, которая случилась в 2011 году в Европе из-за того, что патогенный штамм кишечной палочки попал в пророщенные зерна на «органической» ферме в Германии. Тогда от осложнений только в Германии скончалось более полусотни человек.

Вопрос о том, что безопаснее — «органическое» или «промышленное» земледелие — с точки зрения микробиологии, поднимался с тех пор неоднократно, но пока однозначного ответа на него ученые не нашли. Обзорные работы свидетельствуют, что результаты отдельных исследований зачастую отличаются, поэтому ученым остается только продолжать накапливать и систематизировать информацию.