Официально ВОЗ признала пандемию еще весной, но о коронавирусе до сих пор многое неизвестно. Например, неизвестно, сколько времени держится иммунитет (мы писали об этом в тексте «Мы его запомним?»). Судя по тому, что некоторые люди подхватывают SARS-CoV-2 повторно, иммунологическая память образуется не у всех или оказывается краткосрочной.

Кроме того, очень мало данных о том, что происходит с организмом, если в него попадают несколько разных вариантов коронавируса. До сих пор такая ситуация встретилась ученым только дважды. В первый раз иракские ученые натолкнулись на несколько штаммов SARS-CoV-2 одновременно в образцах, взятых у пациентов для ПЦР-анализа. Но у них не было никаких клинических данных об этих людях, поэтому они не смогли выяснить, связано ли это как-то с тяжестью болезни.

Во второй раз на это обратили внимание исследователи из Швейцарии. Они отсеквенировали образцы, взятые у нескольких сотен пациентов, и заметили, что чем старше пациент, тем больше разнообразие вариантов коронавируса на его слизистой. Тем не менее из их данных нельзя однозначно заключить, имели ли они дело с независимо заразившими пациентов штаммами или с одним штаммом, который размножался и накапливал разные варианты мутаций.

Группе исследователей из Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора под руководством Василия Акимкина (Vasily Akimkin) удалось более внимательно проследить за взаимодействием разных штаммов коронавируса. В своей работе они описали случай пожилого (старше 90 лет) пациента, который сдал первый мазок, когда попал с температурой в больницу. Через неделю врачи взяли у него повторный мазок. Еще через несколько дней пациент скончался, но исследователи сохранили оба образца.

В каждом из них они с помощью секвенирования обнаружили два штамма SARS-CoV-2. Однако соотношение между ними было разным: в первом мазке оно было 69 процентов к 31 проценту, а во втором — 3 к 97 процентам. Таким образом, за неделю второй штамм практически полностью вытеснил первый из носоглотки пациента.

Эти данные можно было бы интерпретировать и по-другому. Например, списать один из штаммов на лабораторное заражение или ошибку метода. Чтобы убедиться в том, что это не так, авторы повторно выделили РНК из образцов — и снова обнаружили два штамма SARS-CoV-2. Можно было предположить, что один из штаммов пациент подхватил в больнице — однако в первом образце, который взяли на следующий день после госпитализации, обоих штаммов было уже достаточно много. Наконец, можно было представить, что один из них — продукт эволюции другого. Однако, подсчитав частоту встречаемости мутаций в их геномах, авторы работы заключили, что эти мутации возникли одновременно — а значит, о постепенной эволюции речь идти не может.

Сравнив геномы обнаруженных ими штаммов коронавируса с базой данных GISAID, исследователи заметили, что второй штамм встречается в мире часто — его обнаруживали более тысячи раз в разных странах, из них 78 раз — в России. А вот для первого штамма совпадений в базе не нашлось. Авторы работы смогли вычислить только 571 ближайшего родственника этого штамма, и из них только три встречались в России. При этом оба штамма со слизистой пациента близкими родственниками не были и относились к разным кладам на филогенетическом дереве SARS-CoV-2.

На основании своих данных исследователи заключили, что пациент заразился независимо двумя штаммами коронавируса. При этом второй, судя по всему, оказался успешнее первого — причем не только в масштабах слизистой пациента, но и в масштабах страны: первый в России почти не встречается, а близкие родственники второго с характерными мутациями составляют 85 процентов российских коронавирусов. Авторы работы полагают, что двойная инфекция могла повлиять на состояние больного и ускорить его смерть — однако судить об этом можно будет только после того, как у врачей наберется больше похожих случаев.

Мы не всегда можем предсказать, как два вируса будут уживаться в одном организме. Известно, например, что коинфекция коронавирусом и риновирусом у детей чаще приводит к госпитализации. А вот грипп с другими простудными вирусами, кажется, соседствует редко: по крайней мере, во время вспышек гриппа другие ОРВИ встречаются реже. Также недавно мы рассказывали о ВИЧ-инфицированном пациенте, которому пересадка почки добавила еще один штамм ВИЧ.

Фото: Samoilov et al. / medRxiv, 2020