МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ
ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ
«БАШКИРСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ»
ФАКУЛЬТЕТ МАТЕМАТИКИ И ИНФОРМАЦИОННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ
КАФЕДРА МАТЕМАТИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ
ВЫПУСКНАЯ КВАЛИФИКАЦИОННАЯ РАБОТА
ПО ПРОГРАММЕ МАГИСТРАТУРЫ
АХМЕТЬЯНОВА АЛЬБИНА ИЛЬШАТОВНА
МОДЕЛИРОВАНИЕ БАЗИСА ГОМОДЕСМИЧЕСКИХ РЕАКЦИЙ
ДЛЯ ЦИКЛИЧЕСКИХ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ
Выполнил:
Студент(ка) 2 курса очной формы обучения
Направление подготовки (специальность)
01.04.02 «Прикладная математика и
информатика»
Направленность (профиль) Математическое
моделирование, численные методы и
комплексы программ
Допущено к защите в ГЭК и проверено
на объем заимствования:
Заведующий кафедрой
д.ф.-м.н., профессор
С.И. Спивак
Руководитель
д.ф.-м.н., профессор
С.И. Спивак
УФА – 2020
Содержание
Введение ................................................................................................................... 3
1 Теоретическое обоснование задач моделирования базиса гомодесмических
реакций ....................................................................................................................7
1.1 Изодесмический метод расчета .................................................................. 10
1.2 Гомодесмический метод расчета ............................................................... 12
2 Процесс конструирования базиса гомодесмических реакций
для химических соединений ................................................................................ 14
2.1 Математическое моделирование базиса гомодесмических реакций и
расчет энтальпии образования ......................................................................... 15
2.2 Применение алгоритма для конструирования гомодесмических реакций
для циклических соединений ........................................................................... 16
3 Реализация программного обеспечения .......................................................... 24
Заключение ............................................................................................................ 31
Список использованных источников и литературы .......................................... 33
2
Введение
Наилучшее
решение
проблем, которые могут возникнуть при
разработке процесса химической технологии, возможно только при наличии
достоверной
информации
термодинамическим
о
свойствам
химических
химических
характеристиках
соединений.
и
Накоплен
значительный массив этих данных. Однако быстрый прогресс технологии и
появление все большего количества новых химических соединений
обусловливают разрыв между потребностью в данных и их наличием.
"Определение в эксперименте термодинамических величин органических
соединений часто бывает затруднительным, а иногда и невозможным"[4, 42].
К
тому
же
среди
этого
огромного
количества
экспериментальной
информации содержатся и недостоверные данные. Поэтому актуальной
является "задача создания универсальных, высокоточных теоретических
методов расчета и прогнозирования свойств химических соединений"[16],
которые дают возможность независимой оценки энергосодержания вещества,
выявления ошибочных данных и, наконец, надежное определение тепловых
эффектов химических реакций, что имеет решающее значение для
разработки технологического и количественного управления химической
деятельностью.
Одним из основных критериев выбора приоритетного канала при
изучении закономерностей химической реакции является то, что степень
совпадения барьеров элементарных стадий, приводящих к наблюдаемым
продуктам, зависит от экспериментальных значений энергии активации
изучаемого
процесса.
Следовательно,
при
выборе
метода
расчета
вычисляются свободная энергия, энергии и энергии диссоциации при
приближении большого количества химических веществ к классу ниже
исследуемого. Полученные результаты сравниваются с экспериментальными
данными, что позволяет оценить возможные вычислительные ошибки.
3
На
практике
механизмы
реакций
элементарных стадий и участвующих
часто
включают
несколько
веществ. При химическом анализе
метода должна быть решена система дифференциальных уравнений, где
каждое
уравнение
определяет
коэффициент
конверсии
одного
из
респондентов. В целом, "решение такой задачи является процессом весьма
трудоемким"[3].
Помимо этого, "концентрации не всех участвующих в
механизме веществ поддаются измерению"[3].
Химическая термодинамика, с другой стороны, позволяет рассчитать
тепловой эффект реакции, определить, возможна ли данная реакция,
вычислить состояние ее равновесия, т.е. тот предел, до которого может
протекать реакция. Чтобы рассчитать тепловой эффект какой-либо реакции,
требуется знать "энтальпии образования всех участвующих веществ"[35].
Зачастую экспериментальные данные из разных источников имеют разные
значения. Кроме того, доступ к экспериментальным данным по некоторым
соединениям затруднен, чрезмерно дорог, или даже невозможен.
Эти
проблемы привели к разработке концептуальной основы для оценки
химической структуры соединения.
Один из этих механизмов основан на использовании гомодесмических
реакций (ГДР). Метод ГДР делит исходное соединение на термохимические
группы. Понятно, что количество таких разложений зависит от количества
внутренних
групп,
которые
составляют
химическое
соединение.
Совокупность всех независимых ГДР является основой ГДР. Таким образом,
после получения разных оценок для каждой структуры ГДР, мы можем
судить о достоверности экспериментальных данных из разных источников.
Цель
выпускной
квалификационной
работы
–
разработка
математического аппарата для конструирования гомодесмических реакций
циклических химических соединений.
Задачи:
4
1. Разработка алгоритма для конструирования базиса ГДР для
различных
классов
органических
соединений
на
основе
анализа
молекулярного графа химического соединения.
2. Создание программного обеспечения определения базиса ГДР.
Апробация работы
Основные
докладывались
положения
и
выпускной
обсуждались
на
квалификационной
следующих
работы
Международных
и
Всероссийских конференциях:
– 1-я
Международная
конференция
по
системам
управления,
математическому моделированию, автоматизации и энергоэффективности (Ist International Conference on Control Systems, Mathematical Modeling,
Automation and Energy Efficiency) SUMMA2019 (Липецк, 2019);
– XXVI Международная конференция студентов, аспирантов и
молодых ученых "Ломоносов" (Москва, 2019);
– XI International Conference on Chemistry for Young Scientists
"Mendeleev 2019" (Санкт-Петербург, 2019);
– Всероссийская научно-практическая конференция с международным
участием "Математика и междисциплинарные исследования" (Пермь, 2017,
2018, 2019);
– Международная конференция "Уфимская осенняя математическая
школа" (Уфа, 2019);
– VII Международная молодежная научно-практическая конференция
"Математическое моделирование процессов и систем" (Уфа, 2017, 2019);
– VIII Всероссийская научно-практическая конференция студентов,
магистрантов,
аспирантов
"Иностранный
язык
в
профессиональной
коммуникации" (Уфа, 2018, 2019);
– Международная конференция "Фундаментальная математика и ее
приложения в естествознании" (Уфа, 2018);
– Всероссийская конференция по квантовой и математической химии
(Уфа, УГНТУ, 2017);
5
– Международная
конференция
"Современная
математика
и
ее
приложения" (Уфа, СФ БашГУ, 2017);
– III Всероссийская молодежная конференция "Достижения молодых
ученых: химические науки" (Уфа, БашГУ, 2017);
– Конкурс на лучшую научную работу молодых ученых вузов и
научных учреждений в Республике Башкортостан, Российский союз молодых
ученых в Республике Башкортостан 2019;
По теме выпускной квалификационной работы опубликовано 11
статей, из них 1 – в научном журнале, входящем в перечень изданий,
рекомендуемых ВАК РФ, 1 – в издании, индексируемом в Scopus .
Общее количество публикаций по теме исследования – 30, входящих в
РИНЦ, из них: 1 – в издании, индексируемом в Web of Science, 2 – в
изданиях,
индексируемых
в
Scopus,
4
–
в
научных
журналах,
рекомендованных ВАК РФ, 1 в журнале, входящем в РИНЦ, остальные –
материалы сборников конференций.
Материал выпускной квалификационной работы изложен на 42
страницах машинописного текста. Состоит из введения, 3 глав, заключения,
списка использованных источников, включающего 66 наименований и
содержит 4 таблицы и 10 рисунков.
6
1 ТЕОРЕТИЧЕСКОЕ ОБОСНОВАНИЕ ЗАДАЧ
МОДЕЛИРОВАНИЯ БАЗИСА ГОМОДЕСМИЧЕСКИХ
РЕАКЦИЙ
Установлено, что термодинамические характеристики соединений
химических необходимы для анализа механизмов химических реакций. Тем
не менее, измерению поддаются концентрации не всех участников реакции.
Как правило, возможным представляется измерить только небольшую часть
продуктов реакции и реагентов и промежуточных веществ. На практике
отсутствие экспериментальных данных об энергетических характеристиках
химических соединений часто проблематично[8, 9],
что приводит к
разработке концептуальных подходов для расчета структуры энтальпии [41].
Наибольшее развитие получил "аддитивно-групповой метод Бенсона"[25],
который основан "на выделении в соединении термохимических групп,
которые представляют собой поливалентный атом молекулы со всеми
его лигандами – валентно-связанными атомами"[48].
В начале 70-х годов прошлого века был предложен принцип
максимального подобия, реализованный в виде концепции изодесмичности
(т.е. сохранения числа и типа химических связей в формально подобранном
"превращении" одного набора соединений в другой) [54,55]. Несмотря на то,
что данный подход оказался весьма плодотворным для анализа взаимосвязи
между строением органических соединений и их энергосодержанием,
точность термохимических вычислений ограничивалась невысоким уровнем
развития вычислительной квантовой химии [11]. Вскоре было выяснено, что
дополнив набор балансов изодесмической реакции требованием группового
баланса, т.е. одинакового ближайшего валентного окружения каждого атома
в формальной реакции, качество расчетов можно повысить [40]. Такой
подход был назван гомодесмическим [41, 63].
Следует
отметить,
что,
отталкиваясь
от
формальной
логики,
дальнейшими шагами по улучшению методики должны были стать
7
расчетные схемы, в которых учитывалось бы более далекое окружение
атомов. Так как, при описании дальнего окружения будут учитываться
невалентные контакты, подобные схемы, очевидно, были бы полезны для
анализа молекулярной энергетики, не связанной с прямым химическим
взаимодействием, т.е. для анализа невалентных эффектов строения молекул.
Однако, в явном виде таких схем не было предложено вплоть до настоящего
исследования. Тем не менее, изо- и гомодесмическая концепции применялись
с успехом для описания термохимических свойств как отдельных молекул,
так и некоторых классов органических соединений [47, 50, 51, 52, 58]. Также
в ряде работ объектом исследования были исследованы также и невалентные
эффекты, главным образом, энергии напряжения циклов [65]. Качество
термохимических оценок в 1990-2010-х годах главным образом улучшалось
благодаря стремительному развитию средств вычислений и появлению более
эффективных
вычислительных
методов
квантовой
химии [64].
Гомодесмический алгоритм предполагает сравнительный термохимический
анализ энергетики исследуемого соединений. Следовательно, для проведения
такого анализа необходима априорная информация об энергетических
величинах (энтальпиях образования, прочностях связей, потенциалах
ионизации) соединений сравнения, полученная либо экспериментально, либо
с помощью очень надежных теоретических вычислений (впрочем, доступных
только для очень малых молекул) [37, 57]. Ненадежность реперных величин –
один из главных источников погрешности гомодесмических оценок, причем
зачастую достоверность экспериментальных величин установить невозможно
ввиду ограниченности сведений о термохимических свойствах органических
соединений.
Предлагаемый теоретико-графовый подход для анализа энергетики
органических соединений является новым и оригинальным [30,36,38]. Ранее
близкие идеи использования матриц смежности для подбора изодесмических
реакций использовал Фиштик [53,66], однако в цитируемых работах даже не
8
обсуждается идея применения такого представления для формирования
полного набора изо- или гомодесмических процессов.
Предлагаемый подход, предварительно протестированный на ряде
простых соединений [4, 7, 8, 27, 44, 45, 47], учитывает отмеченные выше
недостатки. Во-первых, декомпозиция графа исследуемого соединения всеми
возможными способами позволит конструировать гомодесмические реакции
(ГДР), в которых воспроизводится и дальнее окружение, что является
логическим развитием гомодесмической концепции и позволяет изучать
валентные и невалентные эффекты строения в рамках одной расчетной
схемы [31, 32, 39].
множественность
Во-вторых,
оценок
разнообразие
термохимической
ГДР
величины,
обеспечивает
что
позволяет
контролировать воспроизводимость результатов и отсеивать ненадежные
расчетные данные [42, 62]. В-третьих, анализ полного набора ГДР для
исследуемого соединения формирует некоторый блок соединений, энтальпии
образования которых взаимосвязаны через комбинации различных ГДР [26,
60,
61].
Представляется,
что
такой
анализ
"блочный"
энергетики
органических соединений будет более надежным ввиду самосогласованности
всех элементов блока. Практическое воплощение теоретических идей требует
разработки
компьютерного
соответствующего
анализа
программного
строения
обеспечения
исследуемого
соединения
автоматического конструирования базиса гомодесмических реакций.
9
для
и
1.1 Изодесмический метод расчета
Молекулярная энергетика предоставляет ценную информацию для
разработки наукоемких технологических процессов, необходимых для
производства
органических
продуктов[5,
42].
Одним
из
наиболее
эффективных способов сокращения компьютерных ресурсов является
использование концепции изодесмичност"[8]. (Количество ресурсов (энергии
и материалов), используемых для получения единицы производимого
продукта или услуг). Поскольку каждая модель имеет свои индивидуальные
сильные и слабые стороны, а также его ограничения, лучшие "стратегии" для
приближения "реальной проблемы" может включать в себя не одну
молекулярную или квантовую химическую модель, а скорее комбинацию
моделей [56].
Изодесмические
реакции
представляют
собой
реальные
или
гипотетические процессы, в результате выполнения которых количество
связей каждого типа остается неизменным в обеих частях реакции.
Изодесмические реакции – это подкласс изогирических реакций, последние
из которых определяются как превращения, в которых реагенты и продукты
имеют одинаковое количество электронных пар. Чтобы проиллюстрировать
концепцию одним из оригинальных примеров, рассмотрим реакцию
метилкетена с метаном:
На реагенте, а также на стороне продукта можно идентифицировать
следующие типы связей: 1 C-C-простую связь, 1 C=C двойную связь, 12 C-Hодиночных связей, 1 C=O двойную связь. Это также является примером
реакции разделения связей, в которой связи между неводородными атомами
расщепляются
так,
что
образуются
простые
наиболее
двухатомные
молекулы. Из-за постоянного количества связей данного типа энергии
реакции изодесмических реакций можно предсказать довольно точно уже с
10
относительно дешевыми теоретическими методами. Это свойство делает
изодесмические реакции ценным инструментом для прогнозирования
теплоты
образования
неизвестных
органических
соединений.
Чтобы
проиллюстрировать процедуру, рассмотрим реакцию этанола с метаном:
После учета всех разных типов связей, участвующих в этом уравнении
реакции, ясно, что эта реакция классифицируется как изодесмическая
реакция. Известно, что (стандартное состояние) теплоты образования для
трех из четырех видов имеют хорошую точность и приведены ниже
уравнения. Теплоту образования четвертого вида (этанола) можно оценить
сейчас, просто вычислив энергию реакции ERXN (или лучше: энтальпию
реакции
HRXN),
с
квантовомеханическими
методами
и
используя
рассчитанную энергию реакции вместе с известными теплотами образования
для оценки этанола:
ΔHf(ethanol) = ΔHf(ethane) + ΔHf(methanol) – ΔHf(methane) - HRXN
Используя несложно рассчитанные энергии HF / STO-3G для всех
четырех видов, прогнозируется энергия реакции + 10,9 кДж / моль. Вместе с
известными теплоты образования для этанола прогнозируется значение -220
кДж / моль. Это следует сравнить с экспериментальным значением -235,3
кДж / моль.
Успех этой процедуры сильно зависит от качества известных теплот
образования. Следует также помнить, что для оценки теплоты образования
одного и того же вида могут быть установлены различные изодесмические
реакции.
Различные
изодесмические
реакции
будут
давать
разные
результаты. В случае, если известно, что теплоты образования всех
11
вовлеченных видов хорошо известны, для обоснования теоретических
методов можно также использовать изодесмические реакции.
1.2 Гомодесмический метод расчета
Для
изучения механизма химической реакции информация должна
быть представлена в энергетическом профиле всех участников реакции
(энтальпия образования соединения ΔfH0). При прямом действии иногда
возникают такие проблемы, как отсутствие экспериментальных данных об
энергетических свойствах химических соединений [44, 47]. Следовательно,
этот факт "привел к разработке новых теоретических подходов для оценки
энтальпии"[3]. Аддитивно-групповая модель Бенсона является наиболее
совершенной [25]. Основан на "выделении термохимических групп в
химическом соединении с молекулярными поливалентными соединениями со
всеми валентно-связанными лигандами" [3, 40].
В работах [1, 5, 6, 9, 10] показали, что наиболее надежным является
сравнительный подход, который "использует гомодесмические реакции
(ГДР) – изодесмических процессов, с условием группового баланса"[41].
"Гомодесмическая
реакция
–
это
формальная
химическая
реакция
превращения "реагентов" в "продукты", строение которых обеспечивает
выполнение ряда балансов: материального, связевого, изогирического,
группового балансов"[8]. "Материальный баланс состоит в том, чтобы
сохранять число атомов каждого типа в ГДР и его выход, связевой баланс – в
сохранении числа связей каждого типа, изогирический баланс – в сохранении
числа неспаренных электронов и неподеленных электронных пар, групповой
баланс – в сохранении числа групп каждого типа"[8]. Следовательно,
"идеальная гомодесмическая реакция представляет собой термонейтральный
процесс, т.е. выполняется энергетический баланс"[3].
Несмоненно
то,
большое
количество
ГДР,
в
том
числе
взаимозависимых, будут отобраны для сложных структурных соединений.
12
Помимо этого, выбор ГДР для исследуемого соединения
является
неоднозначным. В работе Фиштика решается "проблема неоднозначности
выбора реперной реакции"[53]. На основании вышеизложенного необходимо
разработать метод получения независимых ГДР, который можно представить
с помощью алгоритма классификации, "основанного на теоретико-графовом
анализе строения исследуемых структур органических соединений"[27].
Основываясь на результатах этой работы разработан математический
аппарат для нахождения "базиса гомодесмических реакций циклических
соединений"[33, 34], которые позволяют проводить независимую оценку
структуры соединения.
13
2 ПРОЦЕСС КОНСТРУИРОВАНИЯ БАЗИСА
ГОМОДЕСМИЧЕСКИХ РЕАКЦИЙ ДЛЯ ХИМИЧЕСКИХ
СОЕДИНЕНИЙ
Наиболее достоверным на данный момент считается
основанный
"на
сравнительного
условием
использовании
расчета –
группового
формальный
гомодесмических
реакций
изодесмических процессов,
баланса"[3].
метод,
(ГДР),
дополненных
"Гомодесмическая реакция – это
процесс разложения молекулы химического соединения на
более простые молекулы с сохранением материального, изогирического,
связевого,
группового
балансов"[44].
"Материальный
баланс требует
сохранения числа атомов каждого типа в продуктах ГДР и реагентах,
связевой баланс завключается в сохранении числа связей каждого типа,
изогирический баланс – в сохранении числа неспаренных электронов и
неподеленных электронных пар, групповой баланс – в сохранении числа
групп каждого типа"[44]. Соответственно, "идеальная гомодесмическая
реакция
представляет
собой
термонейтральный
процесс (выполняется
энергетический баланс)"[44].
На практике "тепловой эффект ГДР рассчитывается квантовохимически, что и позволяет рассчитать энтальпию образования исследуемого
соединения с помощью известных (реперных) величин ΔfHo
других
участников реакции"[44, 47, 50].
"Выбор ГДР для какого-либо конкретного химического соединения
неоднозначен, а экспериментальная погрешность определения Δ fHo реперных
соединений может внести какую-то ошибку в результат теоретической
оценки"[43]. Повысить надежность теоретического определения ΔfHo любого
соединения позволяет использование базиса ГДР для данного соединения.
Следовательно, перед нами возникает задача разработки математического
аппарата задачи определения базиса ГДР для органических циклических
соединений.
14
Теоретико-графовый метод определения "базиса ГДР основан на
реакции разделения групп: соединение разбивается на набор соединений,
содержащий все внутренние термохимические
соединения"[3, 26, 46].
Понятно,
можно
виде
разложить
в
что каждое "химическое
образования
повышать
надежность
исходного
соединение
различных гомодесмических реакций"[3].
"Определение базиса ГДР позволяет производить
энтальпии
группы
химического соединения
теоретического
независимые
и,
таким
оценки
образом,
расчета стандартной энтальпии
образования"[3].
2.1 Математическое моделирование базиса гомодесмических реакций
и расчет энтальпии образования
Для "получения базиса ГДР используется реакция разделения групп.
Исследуемое соединение "превращается" в набор соединений, в которых
присутствуют
все
его
Материальный баланс
внутренние
термохимические
группы"[41].
"реакции разделения групп выполняется при
добавлении в левую часть уравнения соединений, состоящих из двух
термохимических групп"[41].
В наших статьях [7, 46] изложен алгоритм конструирования базиса
ГДР:
1) Определение всевозможных комбинаций внутренних и сложных
внутренних групп.
2) Получение продуктов ГДР путем добавления к каждому слагаемому
комбинации подходящих концевых групп. В случае если среди концевых
групп исходного соединения нет подходящих, необходимо получить "новую"
концевую группу заменой лиганда на атом водорода (H) в смежной простой
внутренней группе.
3) Определение реагентов для исходного соединения с учетом
группового баланса и вычисление стехиометрических коэффициентов ГДР.
15
"Ранее
был
разработан
алгоритм
и
программное
обеспечение
гомодесмического метода расчета ΔfHo для ациклических неароматических
соединений"[1, 2, 12]. В работах С.Л. Хурсана, А.С. Исмагиловой, С.И.
Спивака, а также А.А. Ахмерова показано, что "гомодесмический подход
обеспечивает высокую надежность теоретической оценки ΔfHo, практически
независимо от используемого квантово-химического приближения"[30, 43,
44].
Однако выше приведенное программное обеспечение "не может
корректно
рассчитывать
энтальпию
образования
для
циклических
соединений"[12, 15, 16]. "Следовательно, перед нами появляется задача
построения нового алгоритма"[12, 14, 17, 35].
2.2 Применение алгоритма для конструирования гомодесмических
реакций для циклических соединений
Проиллюстрируем работу алгоритма на примере определения базиса
ГДР
и
определения
ΔfHo
для
цис-диметилциклопропана.
Строение
соединения представляется в виде комбинации двух типов внутренних (В1,
В2) и одного типа концевых (К1) термохимических групп (Рисунок 2.1). "В
данной молекуле присутствуют два типа химических связей: C–C и C–H"[21].
16
a)
b)
c)
Рисунок 2.1. a) Молекула цис-диметилциклопропана;
b) Групповой состав и структурная формула молекулы;
c) Концевая группа К1 и внутренние группы В1 и В2
Всевозможные варианты разрывов циклической связи представлены на
рисунке 2.2. Все возможные комбинации внутренних групп, образующих
химическое соединение:
1) -В1(В2К1)В2К1-;
2) -К1В2В1В2К1-;
3) -В1- + -К1В2В2К1-;
4) -К1В2В1- + -В2К1-;
5) -К1В2- + -В1- + -В2К1-.
Рисунок 2.2 Всевозможные независимые варианты разрывов циклических
связей
Для слагаемых всех пяти комбинаций подходящей является концевая
группа К1. Тем самым нетрудно сформировать правые части ГДР. Учет
группового состава продуктов правой части ГДР позволяет определить
реагент К1К1 для исследуемого химического соединения. Сохранение
17
группового баланса позволяет проставить стехиометрические коэффициенты
в ГДР. Для теоретического расчета ΔfHo исследуемого соединения были
использованные данные из таблицы 2.1.
Таблица 2.1 Данные для расчета энтальпии образования
цис-диметилциклопропана
Соединение /
структурная формула
К1(В2В1В2)К1
К1В1(В2К1)(В2К1)К1
B3LYP/631G(d),
Хартри
G3,
Хартри
M06-2X/ccpVTZ,
Хартри
Эксперимент,
∆fH0 кДж/моль
-196,38114
-196,306934
-196,349988
0,0
-276,16914
-276,072004
-276,116004
-202,1
-276,164865
-276,068300
-276,112754
-194,7
-119,034667
-118,988320
-119,003002
-104,7
-236,883894
-236,800441
-236,837551
-176,4
-197,602079
-197,529798
-197,559661
-153,7
-158,319819
-158,260983
-158,283473
-134,2
-79,75077
-79,718912
-79,726330
-84,0
-196,383488
-196,309055
-196,351966
-4,2
К1(В2К1)В1(В2К1)К1
К1В1К1
К1К1В2В2К1К1
К1К1В2В1К1
К1К1В2К1
К1К1
C2H6
К1(В2В1В2)К1
Результаты расчетов для цис-диметилциклопропана приведены в таблице 2.2.
Таблица 2.2 Результаты расчета энтальпии образования цисдиметилциклопропана
Тепловой эффект (Хартри)
Гомодесмические
реакции
Энтальпия образования
(Хартри)
B3LYP/
M066G3
2X/cc31G(d)
pVTZ
B3LYP/6
-31G(d)
G3
M06-2X/ccpVTZ
+ C2H6 →
-97,7
-121,2
-104,2
-20,4
3,1
-13,9
+ C2H6 →
+2C2H6→
-86,5
-111,5
-95,7
-24,2
0,8
-15,0
-94,2
-115,5
-99,5
-18,9
2,4
-13,6
18
+
+2C2H6→
+
-103,0
-120,8
-106,3
-16,9
0,9
-13,6
+3C2H6→2
+
-107,3
-122,4
-107,6
-13,8
1,3
-13,5
-18,8
3,9
0,0
1,7
1,0
0,0
-13,9
0,6
0,0
Среднее значение
Стандартное отклонение
Эксперимент
Отметим, что транс-диметилциклопропан имеет тот же базис ГДР, но
отличную энтальпию образования, что естественно для пространственных
изомеров.
Энтальпия
образования
цис-изомера
выше
вследствие
пространственного эффекта. В транс-изомере взаимодействие, которое
повышает
энтальпию
образования,
отсутствует.
Для
транс-
диметилциклопропана были получены следующие результаты. Средние
значения ΔfHo: -25,0 (B3LYP); -3,9 (G3); -19,1 (M06-2X). Стандартное
отклонение соответственно 3,9; 1,0; 0,6.
Анализ результатов показывает, что наиболее сложный, композитный
метод квантовохимического расчета G3 лучше воспроизводит энтальпию
образования, два других намного хуже. Действительно, тепловые эффекты
ГДР
для
исследуемых
нескомпенсированными
соединений
невалентными
велики
и
определяются
взаимодействиями,
такими
как
энергия напряжения трехчленного цикла и энергия гош-взаимодействий в
разветвленных алканах. Как следствие, проявляется закономерное улучшение
качества расчета при переходе к более ресурсоемким, но более точным
методам, что необходимо учитывать при моделировании циклических
систем.
Проиллюстрируем
гомодесмических
реакций
работу
на
алгоритма
примере
конструирования
циклического
соединения
циклопропана. На рисунке 2.3 приведен молекулярный граф циклопропана.
Строение соединения представляется в виде "комбинации внутренних
19
термохимических – В1, В1, В1"[21]. В молекуле циклопропана всего два типа
химических связей: C–C, C–H.
Для записи реагентов и продуктов ГДР также были использованы
обозначения концевой группы К1, также представленной на рисунке 2.3.
Согласно алгоритму, "для разрушения цикла минимальное число
разрывов равно 1, а максимальное – 3"[16]. Таким образом, для
циклопропана существует три базисных ГДР. "При анализе возможных
комбинаций учитывали, что все связи B1–B1, одинаковы, что уменьшило
число вариантов разрыва"[16, 17].
Молекула циклопропана
Внутренняя группа В1:
Концевая группа К1:
Рисунок 2.3 Молекулярный граф циклопропана и его групповой состав
На рисунке 2.4 представлены "все возможные варианты разрыва связей
между группами в молекуле циклопропана"[5, 42]. Разрывы связей на
рисунке изображены в виде пунктирных линий. Сохранившиеся связи
показаны сплошной линией.
Разрыв 1-ой связи
Разрыв 2-х связей
Разрыв 3-х связей
Рисунок 2.4 Все возможные разрывы связей между группами в молекулярном
графе циклопропана
20
Всевозможные комбинации внутренних и сложных внутренних групп:
1) –В1– + –В1– + –В1–;
2) –В1В1– + –В1–;
3) –В1В1В1–;
Комбинации внутренних групп В1 В1 В1
в виде трех графов
представляют собой три молекулы пропана (C3H8). Комбинация сложной
внутренней группы В1-В1 и В1, представляют собой бутан (C4H10) и пропан
(C3H8). Разложение исходного соединения циклопропана на сложную
внутреннюю группу В1-В1-В1, представляет собой пентан (С5Н12) [57, 59].
Обратимся
к
данным
для
расчета
энтальпии
образования,
представленные в таблице 2.3, рассчитаем энтальпию образования ∆fH0 по
Хартри и переведем в кДж/моль.
Таблица 2.3 Данные для расчета энтальпии образования циклопропана
Химическая
формула
C3H6
C2H6
C3H8
C4H10
С5Н12
B3LYP/6-31G(d),
Хартри
-117,809149
-79.750770
-119.034667
-158,318511
-197,602240
G3,
Хартри
-117,763248
-79.718912
-118.988320
-158,257940
-197,527544
M06-2X/cc-pVTZ,
Хартри
-117,792143
-79.726330
-119.003002
-158,280165
-197,557164
Эксперимент,
∆fH0 кДж/моль
39,3
-84,0
-104.7
-125,6
-146,8
Далее необходимо рассчитать энтальпию образования соединения
циклопропана. Для этого следует использовать данные, приведенные в
таблице 2.3. Будем использовать энтальпии образования, теоретического
метода B3LYP/6-31G(d) как расчетные значения.
Подставив энтальпии образования соединений посчитан тепловой
эффект всех ГДР:
H 0 (1) = f H ( C3 H 8 ) + f H ( C3 H 8 ) + f H ( C3 H 8 ) – f H ( C2 H 6 ) –
− f H ( C2 H 6 ) – f H ( C2 H 6 ) – f H ( C3 H 6 ) =
( –119, 602240 ) + ( –119, 602240 )
+ ( –119, 602240 ) – ( –79, 750770 ) – ( –79, 750770 ) – ( –79, 750770 ) –
− ( –177,809149 ) = – 0, 042542 ( Хартри ) .
H 0 ( 2 ) = f H ( C3 H 8 ) + f H ( C4 H10 ) – f H ( C2 H 6 ) – f H ( C2 H 6 ) –
– f H ( C3 H 6 ) = ( –119, 602240 ) + ( –158,318511) – ( –79, 750770 ) –
– ( –79, 750770 ) – ( –177,809149 ) = – 0, 042489 ( Хартри ) .
21
+
H 0 ( 3) = f H ( C5 H12 ) – f H ( C2 H 6 ) – f H ( C3 H 6 ) =
– ( –79, 750770 ) – ( –177,809149 ) = –
( –119, 602240 )
0, 042321 ( Хартри ) .
–
Учитывая, что коэффициент Хартри равняется 2625,5 кДж/моль
выводим, округляя до десятых:
H 0 (1) = – 111, 7 ( кДж / моль ) .
H 0 ( 2 ) = – 111, 6 ( кДж / моль ) .
H 0 ( 3) = – 111,1 ( кДж / моль ) .
Далее будем использовать рассчитанные значения тепловых эффектов,
а также возьмем из таблицы 2.3 экспериментальные энтальпии образования,
необходимых для расчетов, вычислим энтальпии образования циклопропана.
f H 0 ( C3 H 6 , 1) = f H 0 ( C3 H 8 ) + f H 0 ( C3 H 8 ) + f H 0 ( C3 H 8 ) – f H 0 ( C2 H 6 ) –
– f H 0 ( C2 H 6 ) – f H ( C2 H 6 ) – H 0 (1) =
( –104, 7 )
( –104, 7 ) + ( –104, 7 ) –
– ( –84, 0 ) – ( –84, 0 ) – ( –84, 0 ) – ( –111, 7 ) = 49, 6 ( Хартри ) .
f H 0 ( C3 H 6 , 2 ) = f H 0 ( C3 H 8 ) + f H 0 ( C4 H10 ) – f H 0 ( C2 H 6 ) – f H 0 ( C2 H 6 ) –
– H 0 ( 2 ) = ( –104, 7 ) + ( –125, 6 ) – ( –84, 0 ) – ( –84, 0 ) – ( –111, 6 ) =
= 49,3 ( Хартри ) .
f H 0 ( C3 H 6 , 3) = f H 0 ( C5 H12 ) – f H 0 ( C2 H 6 ) – H 0 ( 3) = ( –146,8 ) – ( –84, 0 )
– ( –111,1) = – 48,3 ( Хартри ) .
Далее
вычисляем
среднее
значение
+
рассчитанных
энтальпий
образования:
f H 0 ( C3 H 6 , 1) + f H 0 ( C3 H 6 , 2 ) + f H 0 ( C3 H 6 , 3)
= 49,1( кДж / моль ) .
3
=
49, 6 + 49,3 + 48,3
=
3
Стандартное отклонение будет рассчитано следующим образом:
(49, 6 − 49,1)2 + (49,3 − 49,1) 2 + (48,3 − 49,1) 2
(0,5) 2 + (0,3) 2 + (−0,8)2
=
=
2
2
=
0, 25 + 0, 09 + 0, 64
0,98
=
= 0, 49 = 0, 7
2
2
Как видно из рассчетов – "среднее значение полученных значений
энтальпий образования достаточно близко к экспериментальному значению,
22
–
что говорит о надежности метода гомодесмических реакций при проведении
независимых оценок энтальпий образования химических соединений"[3].
В таблице 2.4 мы видим результаты вычислений по выделенным
комбинациям
групп, представляющие собой Энтальпию образования
химических соединений.
Таблица 2.4 Энтальпии образования циклопропана
Гомодесмические реакции
Тепловой эффект,
кДж/моль
B3LYP/
M066G3
2X/cc31G(d)
pVTZ
Энтальпия образования,
кДж/моль
B3LYP/
M066G3
2X/cc31G(d)
pVTZ
1) C3H6 + 3*C2H6 →
3* C3H8
-111,7
-118,1
-99,4
49,6
56,0
37,3
2) C3H6 + 2*C2H6 →
C3H8 + C4H10
-111,6
-118,6
-100,7
49,3
56,3
38,4
3) C3H6 + C2H6 →
C5H12
-111,1
-119,2
-101,6
48,3
56,4
38,8
49,1
0,7
39,3
56,2
0,2
39,3
38,2
0,8
39,3
Среднее значение
Стандартное отклонение
Эксперимент
Результаты, полученные с помощью умеренно сложного метода M062X/cc-pVTZ
лучше воспроизводят энтальпию образования, два других
метода несколько хуже.
23
3 РЕАЛИЗАЦИЯ ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ
В этой главе описывается реализация компьютерной программы [34] и
базы данных [33]. Мы разработали приложение [19, 22, 24], в котором
происходит конструирование базиса ГДР для вычисления коэффициентов
структуры (возможен графический ввод новых химических соединений), вид
окна приложения представлен на рисунке 3.1.
Рисунок 3.1 Приложение для конструирования базиса ГДР
Алгоритм был описан в наших статьях [13, 18, 20, 23].
Для проектирования БД используется система управления базами
данных MySQL, которая была описана нами в следующих статьях [28, 29,
49]. База данных состоит из таблиц: группы (GROUP), тип группы
(GROUP_TIP), соединения (SOED), атомы (atom), связи (SVYAZ), тип атома
24
(atom_tip), сложные атомы (atom_slog). Остальных таблицы предназначены
для взаимосвязей основных таблиц.
Таблица GROUP хранит информацию о внутренних и концевых группах
и состоит из следующих полей: номер соединения (ID), индекс группы
(indeks), формула (formula), тип группы (group_tip), центральный атом
группы (centr_atom_id). В поле group_tip представлена информация о типе
группы и записывается в виде 1 или 2, где 1 это концевая группа (К01, К02 и
т.д.), 2 – это обозначение внутренней группы (В01, В02 и т.д.). Номер для
поля group_tip берется из таблицы GROUP_TIP, которая состоит из полей: id,
naimen. В поле naimen таблицы GROUP_TIP указывается название типа
группы: внутренняя или концевая. Между таблицами GROUP и GROUP_TIP
устанавливается связь один ко многим.
Поле centr_atom_id таблицы GROUP – это поле, в котором хранится
информация о центральном атоме группы. В БД данная информация
представлена в виде 2, 3, 4,…. К примеру, если центральным атомом является
углерод С, то в БД записывается цифра 2, если кислород О, то 3 и т. д.
При отсутствии в базе данных необходимого химического соединения в
разработанной программе есть возможность добавления этого соединения.
Так же в программе предусмотрено добавление новой группы, новые виды
химических связей, сложные атомы.
Таблица SOED_GROUP состоит из полей: ID, soed_id, group_id,
nomer_pp и используется для реализации связи многие ко многим между
таблицами SOED и GROUP. Значением поля soed_id является номер
соединения, который берется из таблицы SOED. В поле group_id
указываются номера внутренних и концевых групп из таблицы GROUP,
входящие в данное соединение. В поле nomer_pp введется нумерация
указанных групп.
Таблица SOED_METHOD в поле znach содержит информацию значений
энтальпий для каждого соединения. Соединения в поле soed_id представлены
в виде собственного уникального номера. Значения энтальпий указываются
25
двух видов – абсолютные энтальпии, полученные по методам: B3LYP/631G(d), G3. В поле method_id указывается номер метода, т.е. значения
энтальпии, полученные по методу B3LYP/6-31G(d) имеют номер 1, по методу
G3 номер 2. Обозначения всех атомов входящие в соединения хранятся в
таблице ATOM, которая состоит из полей: id, oboznach.
Для реализации связи многие ко многим между таблицами GROUP и
ATOM создана таблица GROUP_ATOM, которая состоит из полей: id,
group_id, atom_id, valentnost, atom_kol. В данную таблицу сводятся данные по
валентности (поле valentnost) и количеству (поле atom_kol) каждого атома,
который входит в указанную группу. В поле group_id указывается
уникальный номер группы из таблицы GROUP, затем для данной группы в
поле atom_id указываются номера атомов из таблицы ATOM, входящие в
данную группу. Информация о видах химических связей между атомами
представлена в таблице SVYAZ, которая состоит из двух полей: id, oboznach.
Сведения о видах связей и их количестве в группах представлены в
таблице GROUP_SVYAZ. Данная таблица так же предназначена для
реализации связи многие ко многим между таблицами GROUP и SVYAZ и
состоит из следующих полей: id, group_id, svyaz_id, svyaz_kol. В поле
group_id указывается уникальный номер группы из таблицы GROUP, затем
для данной группы в поле svyaz_id поочередно указываются номера видов
химических связей из таблицы SVYAZ, входящие в данную группу. А в поле
svyaz_kol вносится количество каждого вида химической связи для
рассматриваемой группы.
Таблица ATOM_SLOG_SOSTAV состоит из полей: id, atom_slog_id,
atom_id, atom_kol. Данная таблица содержит данные о составе и количестве
каждого атома таблицы ATOM_SLOG. Например, сложный атом С=О,
стоящий под номером 5 (поле atom_slog_id), в таблице ATOM_SLOG состоит
из атомов С и О идущие под номерами 2 и 3 соответственно (поле atom_id) в
таблице ATOM, и в поле atom_kol указывается количество каждого входящего
простого атома.
26
Таблица SVYAZ_ATOM состоит из полей: id, atom_slog_id, svyaz_id,
atom_kol. Данная таблица сводит информацию о том, какой атом (поле
atom_slog_id) входит в какой тип химической связи (поле svyaz_id) и в каком
количестве (поле atom_kol). Например, атом углерода, стоящий под номером
2, в таблице ATOM_SLOG, может входить в тип химических связей C-C, CH, С-О, которые нумеруются в таблице SVYAZ как 1, 2, 3 соответственно.
Связь таблиц в базе данных можно увидеть на рисунке 3.2.
Рисунок 3.2 Связь таблиц в базе данных
После заполнения таблиц, программа получает все возможные разрывы
химических связей между внутренними группами для исследуемого
химического соединения.
Имеется возможность добавления нового соединения (рисунок 3.3), для
этого нужно будет указать обозначение нововведенного соединения,
групповой состав его и заполнить матрицу смежности.
27
Рисунок 3.3 Окно для добавления нового химического соединения
Если при добавлении
нового соединения оказывается, что в
предложенном списке нет необходимой группы, то пользователю нужно
добавить новую группу (концевую K** или внутреннюю B**) (рисунок 3.4).
28
Рисунок 3.4 Окно для добавления внутренней или концевой группы
Далее требуется ввод значений энтальпий для соединений (рисунок 3.5).
Рисунок 3.5 Ввод расчетных и экспериментальных данных нового соединения
29
При любом нажатии кнопки "сохранить" пользователь получает
подтверждение внесенного изменения. Работа приложения осуществляется
по алгоритму, описанному в работах Хурсана С.Л., Исмагиловао А.С.,
Ахметьяновой А.И. и Ахмерова А.А. [7, 8] и представленному на рисунке 3.6
в виде блок-схемы.
Рисунок 3.6 Блок-схема работы приложения
В
конце
выполнения
программы
получаем
на
выводе
базис
гомодесмических реакций и независимые оценки энтальпии образования
исследуемого химического соединения. Кроме того, рассчитывается среднее
значение выходных результатов для создания, а также отклонение среднего и
представляется экспериментальное значение сгенерированных значений. Все
результаты отображаются в главном окне программы.
30
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Алгоритм расчета энергии напряжения циклов в органических
соединениях
различных
гомодесмических
классов
реакций.
основан
"Гомодесмическая
на
конструировании
реакция
–
формальное
термохимическое уравнение, при построении которого учтены материальный
баланс, изогирический баланс, связевой баланс, групповой баланс и баланс
по невалентным эффектам"[27]. Выявление базисного набора реакций
разделения
групп,
основан
на
теоретико-графовом
представлении
анализируемых структур. Это позволяет выполнять преобразования над
матрицей смежности вершин молекулярного графа, которая однозначно
описывает химическое соединение, и, тем самым, переписать алгоритм на
машинный язык.
"При
разработке
специализированный
программного
метод
перебора,
обеспечения
основанный
был
на
применен
рекурсии"[21].
Результат работы программы – базис ГДР, соответствующие энтальпии
образования исследуемого химического соединения, отклонение расчетных
данных от экспериментальных. Программа позволяет добавить метод
расчета, нового соединения или же новой внутренней и внешней группы, и
вы можете сохранить результаты отчета в центр тестирования, созданный в
текстовом редакторе MS Word. Программа устроена так, чтобы любой
начинающий пользователь мог вводить данные о новом химическом
соединении либо выбирать из списка существующих. Вся информация,
необходимая для расчета структуры и состава, а также энергетических
свойств химического соединения, хранится в базе данных, некоторые
таблицы
которой
являются
справочными.
Для
проектирования
БД
используется система управления базами данных (СУБД) MySQL.
С использованием описанного выше программного обеспечения было
проведено детальное термохимическое исследование тестового набора
циклических органических соединений (всего 65 структур). Основная идея
31
исследования
состоит
в
следующем.
"Соблюдение
всех
балансов
гомодесмической реакции (ГДР) приводит к ее термонейтральности"[27].
"При
несоблюдении
гомодесмической
баланса
реакции
характеристикой"[27].
по
какому-либо
становится
Принципиально
эффекту
его
новым
энтальпия
энергетической
решением
является
использование полных наборов гомодесмических реакций. Формирование
полного набора ГДР для циклических соединений с условием отсутствия
циклов в продуктах формального превращения позволяет определить
энергию напряжения цикла Es по тепловому эффекту ГДР. С этой целью
рассчитаны абсолютные энтальпии 65 циклических соединений и всех
реперных структур с помощью композитных методов G3 и G4, что позволило
вычислить тепловые эффекты всех ГДР. Эти величины (с обратным знаком)
представляют собой энергии напряжения соответствующих циклов за
вычетом "примесных" невалентных эффектов, таких как энергии гошвзаимодействий, внутримолекулярных водородных связей в продуктах ГДР.
Важно, что использование полного набора ГДР позволяет учесть вклад
нежелательных
эффектов
и
вычислить
энергию
напряжения
цикла,
свободную от вторичных эффектов. На примере соединений с известными
значениями Es показано прекрасное соответствие предлагаемого нами метода
анализа невалентных эффектов надежным экспериментальным данным.
32
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ
И ЛИТЕРАТУРЫ
1.
Ахмеров А.А., Исмагилова А.С, Спивак С.И., Хурсан С.Л.
Конструирование гомодесмических реакций и расчёт энтальпии образования
органических соединений: свидетельство о государственной регистрации
программы для ЭВМ. Пат. РФ № 2015617060. Дата регистр. 29.06.2015.
2.
Ахмеров А.А., Исмагилова А.С, Спивак С.И., Хурсан С.Л.
Энергетические характеристики органических соединений: свидетельство о
государственной регистрации базы данных. Пат. РФ № 2015621003. Дата
регистр. 01.07.2015.
3.
Ахмеров А.А. Программное обеспечение теоретико-графового
анализа механизмов сложных химических реакций и энергосодержания
химических соединений : специальность 02.00.04 «Физическая химия» :
диссертация на соискание ученой степени кандидата физико-математических
наук / Ахмеров Азат Аскарович; Башкирский государственный университет.
– Уфа, 2016. – 128 с.
4.
Ахметьянова, А.И. Определение базиса гомодесмических реакций
для циклогексана / А.И. Ахметьянова, А.С. Исмагилова, С.Л. Хурсан //
Материалы
VII
Международной
молодежной
научно-практической
конференции "Математическое моделирование процессов и систем" Часть1.
– Уфа, 2017. – С. 88-92.
5.
Ахметьянова
А.И.
Разработка
программного
обеспечения
гомодесмического метода расчета энтальпии образования органических
соединений / А.И. Ахметьянова, А.С. Исмагилова, С.Л. Хурсан //
Всероссийская конференция по квантовой и математической химии (Уфа, 1317 ноября 2017 г.): сб. тез.докл. / под ред. С.Л. Хурсана – Уфа: Изд-во
УГНТУ, 2017. – С. 29.
6.
Ахметьянова А.И. Разработка программного обеспечения для
расчета стандартной энтальпии образования химических соединений /
33
А.И. Ахметьянова, А.С. Исмагилова, С.Л. Хурсан // Математика и
междисциплинарные исследования – 2017: материалы Всероссийской
научно-практической конференции молодых ученых с международным
участием. В 2-х томах. / Главный редактор А.П. Шкарапута.– Т.1. – Пермь:
Перм. гос. нац. исслед.ун-т, 2017. – С. 27-33.
7.
Ахметьянова, А.И. Конструирование базиса гомодесмических
реакций органических соединений / А.И. Ахметьянова, С.Л. Хурсан, А.С.
Исмагилова // Достижения молодых ученых: химические науки: тезисы III
Всероссийской молодежной конференции (г. Уфа, 17-20 мая 2017 г.) /отв.
ред. Р.М. Ахметханов. – Уфа: РИЦ БашГУ, 2017. – С.192-196.
8.
Ахметьянова, А.И. Конструирование гомодесмических реакций на
примере циклопентана / А.И. Ахметьянова, А.С. Исмагилова, С.Л. Хурсан //
Современная математика и ее приложения: материалы Международной
научно-практической конференции, 18-20 мая 2017 г., г. Уфа. – Часть I. / отв.
ред. С.А. Мустафина. – Стерлитамак: Стерлитамакский филиал БашГУ, 2017.
– С. 137-141.
9.
Ахметьянова, А.И. Разработка программного обеспечения для
термохимического анализа энергетики химических соединений / А.И.
Ахметьянова, А.С. Исмагилова, С.Л. Хурсан, Ф.Т. Зиганшина // Математика
и междисциплинарные исследования
– 2018 [Электронный ресурс]:
материалы Всероссийской научно-практической конференции молодых
ученых с международным участием. (г. Пермь, 14-19 мая 2018 г.) / Главный
редактор А.П. Шкарапута.– Пермь: Перм. гос. нац. исслед.ун-т, 2018. – С.
224-227.
10. Ахметьянова, А.И. Проектирование программного обеспечения в
задачах математического моделирования химических процессов // Конкурс
на лучшую работу студентов высших учебных заведений в городе Уфе и
Республике Башкортостан: сборник материалов. – Уфа: Общество с
ограниченной ответственностью "Аэтерна" – 2017. – С.11-13.
34
11. Ахметьянова, А.И. Programming and Computational Methods in
Chemical Technology (Программирование и вычислительные методы в
химической
технологии)
//
Иностранный
язык
в
профессиональной
коммуникации – 8: Материалы VIII Всероссийской научно-практической
конференции студентов, магистрантов, аспирантов (г.Уфа, 23 апреля – 10 мая
2018 г.) / отв. Ред. Н.П. Пешкова. – Уфа: РИЦ БашГУ, 2018. – 448 с.
12.
Ахметьянова
гомодесмических
А.И.
реакций
Математическое
для
оценки
моделирование
энтальпии
базиса
образования
//
Фундаментальная математика и ее приложения в естествознании: тезисы
докладов X Международной школы-конференции студентов, аспирантов и
молодых ученых, посвященной 100-летию первого декана математического
факультета БашГУ Зигандара Иргалеевича Биглова (г. Уфа, 16 – 20 октября
2018 г.) / отв. ред. Б.Н. Хабибуллин. – Уфа: РИЦ БашГУ, 2018. – 440 с. –
С.182.
13.
Akhmetyanova, A. Determination of the basis of homodesmic
reactions and calculation of enthalpies of education by mathematical methods from
the economic view of vision // A. Akhmetyanova, A. Ismagilova, F. Ziganshina //
Материалы XVII Международной конференции «Наука в современном
информационном обществе» ("Science in the modern information society XVII")
(North Charleston, USA, 12-13 ноября 2018). – 2018. – Т.2. .– С. 66-70.
14.
Ахметьянова,
А.И.
Математическое
моделирование
базиса
гомодесмических реакций химических соединений // А.И. Ахметьянова, А.С.
Исмагилова, Ф.Т. Зиганшина, А.А. Ахмеров // Материалы XXXVII
Международной конференции «Математика. Компьютер. Образование.», г.
Дубна, 27 января-1 февраля 2020
15.
Akhmetyanova, A.I. Development of software in the problems of
mathematical modeling of chemical reactions // Международная научная
конференция «Уфимская осенняя математическая школа» (г. Уфа, 16-19
октября 2019 г.): Тезисы докладов. – Уфа: Изд-во БашГУ, 2019. – С. 19-20.
35
Ахметьянова,
16.
А.И.
Программное
обеспечение
для
термохимического анализа энергетики химических соединений // А.И.
Ахметьянова,
А.С.
Исмагилова,
Ф.Т.
Зиганшина,
А.А.
Ахмеров
//
Математическое моделирование процессов и систем: Материалы IX Межд.
молодежн. науч.-практ. конф., 30 октября – 1 ноября 2019 г., г. Стерлитамак /
отв. ред. С.А. Мустафина. – Стерлитамак: Стерлитамакский филиал БашГУ,
2019. – С.55-59. ISBN 978-5-86111-689-3
Ахметьянова, А.И.
17.
Программное
обеспечение
для
конструирования гомодесмических реакций химических соединений //
тезисы
XX
Всероссийской
конференции
молодых
ученых
по
математическому моделирования и информационным технологиям. Г.
Новосибирск, Россия, 28 октября – 1 ноября 2019 г. – Новосибирск: ИВТ СО
РАН, 2019. – С.54-55. ISBN 978-5-905569-13-5
18.
Akhmetyanova, A.I. Modeling The Basis Of Homodesmic Reactions
Of Chemical Compounds // XI International Conference on Chemistry for Young
Scienyists "Mendeleev 2019" – 2019. – PP. 383.
19.
Ахметьянова, А.И.
Применение
численных
методов
для
определения базиса гомодесмических реакций химических соединений //
Материалы
Международного
молодежного
научного
форума
«ЛОМОНОСОВ-2019» / Отв. ред. И.А. Алешковский, А.В. Андриянов,
Е.А. Антипов. [Электронный ресурс]. – М: МАКС Пресс, 2019. – 1 электрон.
опт. диск (DVD-ROM); 12 см. – Систем. требования: ПК с процессором 486+;
Windows 95; дисковод DVD-ROM; Adobe Acrobat Reader. – 1600 Мб. – 11000
экз.
20.
Ахметьянова, А.И. Разработка программного обеспечения для
анализа энергосодержания химических соединений // В Юбилейном
сборнике научных трудов Конкурса научных работ по химии и наукам о
материалах «ЛОМОНОСОВ 2.0» – 2019. – C.38.
21.
Ахметьянова, А.И.
Моделирование
базиса
гомодесмических
реакций для термохимического анализа энергетики химических соединений
36
// Математика и междисциплинарные исследования – 2019 [Электронный
ресурс]: материалы Всерос. науч.-практ. конф. молодых ученых с междунар.
участием (г. Пермь, 15–18 мая 2019 г.). / гл. ред. А. П. Шкарапута; Перм. гос.
нац. исслед. ун-т. – Электрон. дан. – Пермь, 2019. – 10,8 Мб; 428 с. – Режим
доступа:
http://www.psu.ru/files/docs/science/books/sborniki/mmi-2019.pdf.
–
Загл. с экрана. ISBN 978-5-7944-3300-5
22.
Ахметьянова, А.И. Numerical methods for determining the basis of
homodesmic reactions of chemical compounds (Численные методы для
определения базиса гомодесмических реакций химических соединений) //
Иностранный язык в профессиональной коммуникации - 9: материалы IX
Всероссийской научно-практической конференции студентов, магистрантов,
аспирантов (г. Уфа, 22 апреля–14 мая 2019 г.) / отв. ред. Н.П. Пешкова. –Уфа:
РИЦ БашГУ, 2019. –420с. ISBN 978-5-7477-4896-5
23.
Ахметьянова, А.И.Программное обеспечение для определения
гомодесмических реакций // А.И. Ахметьянова, Ф.Т. Зиганшина, А.С.
Исмагилова // Тезисы Всероссийской научно-практической конференции
«Российская нефтепереработка и нефтехимия – проблемы и перспективы»: (к
100-летию со дня рождения д.т.н., профессора Варфоломеева Д.Ф.): сборник
материалов – Уфа: Изд-во Фонда поддержки и развития науки РБ. – 2018. –
С. 25-28.
24.
Ахметьянова, А.И. Определение гомодесмических реакций в
молекуле циклопропана // Сборник тезисов III Всероссийской молодежной
конферненции
"Проблемы
и
достижения
химии
кислород-
и
азотосодержащих биологически активных соединений (г. Уфа, 14-17 ноября
2018 г.) / отв. ред. Р.Ф. Талипов –Уфа: РИЦ БашГУ. – 2018. – С.7-10.
25. Бенсон, С.У. Термохимическая кинетика / С.У. Бенсон. – Москва:
Мир, 1971. – 308 с.
26. Берж, К. Теория графов и ее применение. Пер. с франц. Москва:
Изд-во иностр. литературы, 1962. – 319 с.
37
27. Бурцева, Е.С. Гомодесмический метод определения невалентных
эффектов в ряду производных циклопропана / Е.С. Бурцева, А.И.
Ахметьянова, А.С. Исмагилова, С.Л. Хурсан // Вестник Башкирского
университета. – 2017. – Том 22. – №4. – С. 946-952.
28. Зиганшина,
Ф.Т.
Теоретико-графовый
метод
определения
гомодесмических реакций для циклических химических соединений // Ф.Т.
Зиганшина, А.И. Ахметьянова, А.С. Исмагилова, С.Л. Хурсан, А.А. Ахмеров
// Системы управления и информационные технологии. – 2018. – №4(74). –
С.72-76.
29. Зиганшина,
Ф.Т.
Компьютерное
моделирование
задачи
определения базиса гомодесмических реакций // Ф.Т. Зиганшина, А.С.
Исмагилова, А.И. Ахметьянова, Е.С. Ахметшина, А.А. Ахмеров // Системы
управления и информационные технологии. – 2019. – № 4 (78). – С. 10-15.
30. Исмагилова, А.С. Теоретико-графовая интерпретация химических
соединений и химических реакций / А.С. Исмагилова, А.И. Ахметьянова,
С.Л. Хурсан // Доклады Башкирского университета. – 2016. – Т.1. – №1. – С.
36-39.
31. Исмагилова А.С. Математическое моделирование химических
процессов: монография / А.С. Исмагилова, С.И. Спивак. – Уфа: РИЦ БашГУ,
2014. – 115 с. ISBN:978-5-4271-0029-8.
32.
Исмагилова А.С. Декомпозиция схем сложных химических
реакций при решении обратных задач : специальность 02.00.04 «Физическая
химия» : диссертация на соискание ученой степени доктора физикоматематических наук / Исмагилова Альбина Сабирьяновна; Башкирский
государственный университет. – Уфа, 2015. – 269 с.
33.
Зиганшина
Исмагилова А.С., Ахмеров А.А., Хурсан С.Л., Ахметьянова А.И.,
Ф.Т.,
Ахметшина
Е.С.
Энергетические
характеристики
ациклических и циклических органических соединений: свидетельство о
государственной регистрации базы данных. Пат. РФ № 2018621520. Дата
регистр.27.09.2018
38
34.
Исмагилова А.С., Ахмеров А.А., Хурсан С.Л., Ахметьянова А.И.,
Зиганшина Ф.Т., Ахметшина Е.С. Конструирование гомодесмических
реакций органических соединений: свидетельство о государственной
регистрации программы для ЭВМ. Пат. РФ № 2018662274. Дата регистр.
03.10.2018.
35.
Исмагилова, А.С. Конструирование гомодесмических реакций
для циклических химических соединений // А.С. Исмагилова, А.И.
Ахметьянова, Ф.Т. Зиганшина // Материалы докладов VIII Международной
научной молодежной школы-семинара "Математическое моделирование,
численные методы и комплексы программ" имени Е.В. Воскресенского (г.
Саранск, 16-20 июля 2018 г.) / редкол.: В.Ф. Тишкин (отв. ред.) [и др. ]. –
Саранск: СВМО. – 2018. – С.58-60.
36. Оре, О. Графы и их применение. – М.: КомКнига, 2006. – 168 с.
37. Сталл, Д. Химическая термодинамика органических соединений /
Сталл Д., Вестрам Э., Зинке Г. // М.: Мир, 1971. – 808 с.
38. Уилсон, Р. Введение в теорию графов. // Пер. с англ. Москва: Мир,
1977. – 208 с.
39. Харари, Ф. Теория графов. // Пер. с англ. Москва: Мир, 1973. –
300 с.
40. Хурсан,
С.Л.
Учет
внутримолекулярных
невалентных
взаимодействий в методе аддитивности термохимических инкрементов.
Сравнительный анализ методов расчета энтальпий образования / С.Л. Хурсан
// Башкирский химический журнал. – 1997. – Т.4. – №1. – С.37-41.
41. Хурсан, С.Л. Сопоставительный анализ теоретических методов
определения термохимических характеристик органических соединений /
С.Л. Хурсан // Вестник Башкирского университета. – 2014. Т.19. – №2. –
С.395-401.
42. Хурсан, С.Л. Гомодесмический метод исследования молекулярной
энергетики / С.Л. Хурсан, А.С. Исмагилова,
А.А. Ахмеров, А.И.
Ахметьянова // Всероссийская конференция по квантовой и математической
39
химии (Уфа, 13-17 ноября 2017 г.): сб. тез.докл. / под ред. С.Л. Хурсана –
Уфа: Изд-во УГНТУ, 2017. – С. 58.
43. Хурсан,
С.Л.
Алгебраический
подход
к
конструированию
гомодесмических реакций органических соединений / С.Л. Хурсан, А.С.
Исмагилова,
С.И.
Спивак
//
Сборник
трудов
международной
VII
конференции "Современные методы прикладной математики, теории
управления и компьютерных технологий (ПМТУКТ-2014)" – 2014. – С. 386389.
44. Хурсан,
С.Л.
Конструирование
гомодесмических
реакций
органических соединений и расчет энтальпий образования органических
соединений / С.Л. Хурсан, А.С. Исмагилова, А.А. Ахмеров, С.И. Спивак //
Журнал физической химии. – 2016. – Т.90. – №4. – С.569-575.
45. Хурсан, С.Л. Теоретико-графовый метод определения базиса
гомодесмических реакций для ациклических химических соединений / С.Л.
Хурсан, А.С. Исмагилова, С.И. Спивак // Доклады Академии наук. – 2017. –
Т. 474. – №4. – С.454-457.
46. Хурсан, С.Л. Определение базиса гомодесмических реакций
циклических органических соединений с использованием теории графов //
С.Л. Хурсан, А.С. Исмагилова, А.И. Ахметьянова // Журнал физической
химии. – 2018. – №7 – С.1076-1085. (Khursan S.L., Ismagilova A.S.,
Akhmetyanova A.I. Determining the basis of homodesmotic reactions of cyclic
organic compounds by means of graph theory // Russian Journal Of Physical
Chemistry A. – July 2018. – volume 92. – issue 7. – pp. 1312-1320.)
47. Шайхлисламов, Д.С.
Квантово-химический
и
аддитивно-
групповой расчет энтальпий образования гидроксиламинов и оксимов /
Д.С. Шайхлисламов, М.Р. Талипов , С.Л. Хурсан //Там же. – 2007. – Т. 81. –
№ 2. – С. 293.
48. Afeefy, H.Y. Neutral Thermochemical Data / H.Y.
Afeefy, J.F.
Liebman, and S.E.Stein // In: NIST Chemistry Webbook, NIST Standard
Reference Database Number 69. Eds. P.J. Linstrom and W.G. Mallard, National
40
Institute
of
Standards
and
Technology,
Gaithersburg
Md,
20899,
Ismagilova
Albina
DOI: https://doi.org/10.18434/T4D303
49. Akhmetyanova,
A.
Ziganshina
Fairuza,
Mathematical Apparatus for the Construction of Homodesmic Reactions //
Akhmetyanova, F. Ziganshina, A. Ismagilova // I-st International Conference on
Control Systems, Mathematical Modeling, Automation and Energy Efficiency,
DOI: 10.1109/SUMMA48161.2019.8947496
50.
Dorofeeva, O.V. The quantum-chemical determination of group
contributions to the thermodynamic properties of organophosphorus compounds /
Dorofeeva O.V., Ryzhova O.N., Moiseeva N.F. // Russian Journal of Physical
Chemistry A, 2008. – Том 82. – № 6. – с. 933-937;
51.
Dorofeeva, O.V. Accurate prediction of enthalpies of formation of
organic azides by combining G4 theory calculations with an isodesmic reaction
scheme / Dorofeeva O.V., Ryzhova O.N., Suntsova M.A. // 2013. – V. 117. – №
31. – P. 6835-6845;
52.
Dorofeeva, O.V. Performance of DFT, MP2, and composite ab initio
methods for the prediction of enthalpies of formations of CHON compounds using
isodesmic reactions / Dorofeeva O.V., Osina E.S. // Computational and Theoretical
Chemistry – 2017. – V.1106. – P. 28-35
53.
Fishtik, I. Unique Stoichiometric Representation for Computational
Thermochemistry // J. Phys. Chem. A 116 (2012). – p.1854-1863;
54. Henre W.J. Ab Initio Molecular Orbital Theory / Henre W.J., Radom
L., Schleyer P.v.R., Pople J.A. // N.Y.: Wiley, 1986 – 548 p.
55. Henre W.J. Isodesmic reactions are defined // W. J. Hehre, R.
Ditchfield, L. Radom, J. A. Pople, J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, p. 4796
56. Jensen F. Introduction in Computational Chemistry // Chichester: John
Wiley & Sons. – 1999. – 429 p.
57. Khursan S.L. A Graph Theory Method For Determining the Basis of
Homodesmic Reactions for Acyclic Chemical Compounds / S.L. Khursan, A.S.
41
Ismagilova, S.I. Spivak // Doklady Phisical Chemistry. – 2017. – T. 474. – P. 99102.
58.
Khursan, S.L. The Standard Enthalpies of Formation of Fluorinated
Alkanes: Nonempirical Quantum-Chemical Calculations // Russian Journal of
Physical Chemistry. – 2004. – V. 78. Suppl. 1. – P. S34-S42;
59. Khursan
S.L. Thermochemistry
Khursan, V.L. Antonovsky
of
Organic
Peroxides
/
S.L.
// In: Peroxides at the Beginning of the Third
Millenium: Synthesis, Properties, Application/Ed. by V.L. Antonovsky, O.T.
Kasaikina, and G.E. Zaikov. New York: Nova Science Publishers. – 2004. – P.
277-304.
60. Knowlton J.W. Heats of combustion and formation of cyclopropane /
J.W. Knowlton, F.D. Rossini //J. Res. NBS. – 1949. – V. 43. – P. 113-115.
61. Lacher J. R. Vapor phase heats of hydrobromination of cyclopropane
and propylene / J.R. Lacher, C.H. Walden, K.R. Lea, J.D. Park // J. Am. Chem.
Soc. – 1950. – V. 72. – P. 331-333.
62. Pedley, J.В. Thermochemical Data of Organic Compounds / J.В.
Pedley, R.D.Naylor and S.P. Kirby. // London: Chapman & Hall, 1986. – 792 p.
63. Steven, E. W.
A
Hierarchy
of
Homodesmotic
Reactions
for
Thermochemistry / Steven E. Wheeler, Kendall N. Houk, Paul v. R. Schleyer,
Wesley D. Allen // Modern Electronic Structure Theory, Part 1 – David Varkony –
World Scientific, 1995 – p.1462.
64. Steven, M. B. The group equivalent reaction: An improved method for
determining ring strain energy / Steven M. Bachrach // J. Chem. Educ., 1990. – V.
67(11). – P. 907 ;
65. Todor, D. Ring Strain Energies from ab Initio Calculations // Todor
Dudev, Carmay Lim, J. Am. Chem. Soc., 1998. – V.120 (18). – p. 4450 – 4458.
66. Vijaya, P. A graph theoretical approach to the elucidation of reaction
mechanisms: Analysis of the chlorine electrode reaction / P.Vijaya, M.O.Tadéa,
Ilie Fishtik, R.Dattab. // Computers and Chemical Engineering, 49 (2013), 85-94.
42
Отзывы:
Авторизуйтесь, чтобы оставить отзыв